水生生态系统在其代谢过程中，能量沿着不同的食物链逐级传递。由于消费者本身的呼吸作用，每通过一级便有部分损失。通过食物链的环节越多，能量的损失就越大，生态效率就越低。死亡的有机物为细菌所分解，释放出的无机营养物又被绿色植物所重新利用。于是，伴随着能量从日光到生物体的单向流动，营养物质在环境与生物之间的循环在生态系统中不断地往复进行。